Bonjour
J'ai l'impression que vous compliquez tout à l'envi pour cette succession de votre mère et vous avez évoqué des divergences avec le notaire.
Faites-lui confiance, c'est lui le professionnel.
Un élément de réponse à vos interrogations, portant sur les droits et devoirs de l'usufruitier :
https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F934
Une déclaration de succession se termine par
III. BALANCE DE SUCCESSION
L'actif brut de succession étant de x euros
Et le passif de succession étant de y euros
Balance faite, il résulte un actif net de succession de x euros - y euros = z euros
Puis
Part taxable de chaque ayant droit et liquidation des droits.
Les dettes figurent dans le passif.
C'est sur le z euros que s'exercera l'usufruit de votre père. En fait c'est beaucoup plus simple que vous ne le pensez.