Remise en cause facture

bonjour, gérant d'une SCI , j'ai commandé en 2015 des travaux d’aménagements de la cour de notre bâtiment , création de puits perdus, mise en place d'enrobé avec préparation du support. l'entreprise a elle même fait un relevé dimensionnel sur place pour établir son devis, tous les prix sont unitaires et au m² donc pas de marché de travaux global est forfaitaire.Nous avons accepté le devis, les travaux réalisés, la facture réglée. Cette année nous avons prévu de faire une deuxième tranche de travaux, de même nature avec la même entreprise, le devis est accepté les travaux débuteront en octobre l’acompte est versé.

En parallèle,cette année, nous avons décidé de passé en copropriété pour la vente d'un lot, le travail de relevé de l'expert géomètre, laisse apparaître que les surfaces réalisés par cette entreprise ne correspondent pas aux surfaces du devis et facturés. En effet les surfaces réalisé sont inférieurs aux surfaces facturées, de même après versification il semblerait que les surfaces apparaissant sur le devis de la deuxième tranche soient aussi surestimées. je précise que nous n'avons pas effectué de réception de travaux par écrit pour cette première tranche.

Pensez vous que nous pouvons, remettre en cause la première facture ?
Afin de ne pas mettre en suspens les travaux de la deuxième tranche un ami me conseil de laisser faire la réalisation et de tout mettre sur la table au moment de la présentation de la facture, de demander a l'entreprise de revoir sa première facture ainsi que sur la deuxième tranche et de déduire du montant toutes la surfacturation je serais assez d'accord avec cette idée qu'en pensez vous?

merci d'avoir pris le temps de me lire

cordialement mb